1957年建校筹备工作开始，1958年春成立内蒙古中蒙医学院建校筹备委员会，当年开始招生，招有中医、蒙医两个专业。内蒙古中蒙医院和中蒙医研究所是当时的附属医院。1958年夏，将内蒙古中蒙医学院与内蒙古医学院合并成立内蒙古医学院中蒙医系。本年开始招收5年制蒙医本科班，开创了蒙医本科教育之先河。

1959年将内蒙古医学院蒙医专业师生转交给内蒙古卫生老干部培训学院，1961年回归。1964年将中蒙医系及附属医院转交卫生厅管理，1966年又返回医学院。1972年附属中蒙医院转交卫生厅管理至今。

教学工作形成规模的蒙医专业从1983年到2003年的20年期间停止了招生。但在党的传统医药政策的大力支持，尤其在内蒙古自治区政府21世纪初出台的重视蒙医药政策的扶持下2003年中蒙医系又开始恢复招生，2006年成立了蒙医药学院。

1958～2008年期间，主要招收5年制本科生为主先后培养出1000余名学生。其中还开办了5届3年制大专班(1972～1976)、1届4年制高等专科班、1届3年制中专班。除此之外，还招收了7届计划外高等专科班。现在校生达1000余名。

从1993年开始先后招收蒙古国留学生10个班级，到2012年为止，已培养112名留学生，现在在校留学生86名。1959～1960年举办两届全区蒙医进修班，1964年举办一届蒙医研究生班。

20世纪末，蒙医高等教育进入二次创业高潮，开始培养国内外硕士研究生，1980年白青云教授培养了一名研究生。因当时学校没有授予权，未能授于硕士学位。1992年蒙医医史文献专业获得硕士研究生培养资格。当年吉格木德教授任导师培养出首届蒙医文献专业3名硕士研究生，在此基础上逐步发展成能够培养多方向硕土研究生的民族医学专业和蒙医系结合专业，先后培养百余名硕士，现在在读硕土研究生达到百余名。

21世纪初，蒙医高等教育迎来了第三次创业高潮，开始培养博士研究生。2004年内蒙古医学院与北京中医药大学签订联合培养博土研究生合作协议，罗布桑、吉格木德两位教授任导师，2005年和2011年分别与北京中医药大学和天津中医药大学联合培养民族医学（蒙医学）和中药学（蒙药学）专业博士研究生。2006年和2007年分别开始招收蒙药专业本科生和护理专业（蒙医方向）本科生。2018年中医学（蒙医学）获得博士学位授权一级学科。